La gobernanza de la mioty alliance se define en los Estatutos de la mioty alliance.

La mioty alliance se rige por tres órganos: la Asamblea General, la Junta Directiva y el Consejo Asesor. La Asamblea General, que se celebra anualmente y está abierta a todos los miembros, es el órgano supremo de toma de decisiones. Aquí es donde se elige a la Junta Directiva y se establecen las directrices estratégicas. La Junta Directiva gestiona las operaciones, propone presupuestos, implementa resoluciones y supervisa los comités. El Consejo Asesor, compuesto principalmente por incubadoras, aprueba presupuestos, transacciones legales clave y asesora sobre comités y gobernanza. Las incubadoras tienen derecho de veto sobre los nombramientos de la Junta. Los comités y grupos de trabajo apoyan a ambas juntas en temas técnicos, de marketing, desarrollo de negocio y estratégicos.