La seguridad de mioty® funciona en dos capas. La capa de red es obligatoria: cada mensaje entre un punto final y una estación base se cifra con AES-128 en modo contador y se firma con un CMAC, utilizando una clave de red que está registrada y gestionada por el Centro de Servicios. Además, existe una capa de aplicación opcional: un segundo cifrado AES-128 independiente que utiliza una clave de aplicación separada que la propia red nunca posee, de modo que las cargas útiles pueden permanecer ilegibles para el operador de red y solo descifrarse en el Centro de Aplicaciones del cliente. Ambos mecanismos están especificados en la directriz de seguridad dedicada de la alianza y, para la capa de aplicación, en la Especificación de la Capa de Aplicación, de modo que los productos certificados de diferentes fabricantes aplican las mismas protecciones.