Die Governance der mioty alliance ist in der Satzung der mioty alliance festgelegt.

Die mioty alliance wird von drei Gremien geleitet: der Mitgliederversammlung, dem Vorstand und dem Beirat. Die jährlich stattfindende und allen Mitgliedern offene Mitgliederversammlung ist das oberste Entscheidungsgremium. Hier wird der Vorstand gewählt und strategische Leitlinien werden festgelegt. Der Vorstand verwaltet den Betrieb, schlägt Budgets vor, setzt Beschlüsse um und beaufsichtigt Ausschüsse. Der Beirat – hauptsächlich bestehend aus Inkubatoren – genehmigt Budgets, wichtige Rechtsgeschäfte und berät zu Ausschüssen und Governance. Inkubatoren haben Vetorechte bei der Ernennung von Vorstandsmitgliedern. Ausschüsse und Arbeitsgruppen unterstützen beide Gremien bei technischen, Marketing-, Geschäftsentwicklungs- und strategischen Themen.